Såsom ovan nämnts, fick Atterbom åtnjuta förmånen av ett i hög grad lyckligt familjeliv. I de akademiska kretsarna i Uppsala rådde på denna tid ett av innerlig vänskap präglat sällskapsliv, som med all sin enkelhet i yttre anordningar förenade familjerna med band av en »gyllene trevnadskedja» för att använda Atterboms egna ord. I överstinnan Malla Silfverstolpes vittra hem voro både Atterbom och Geijer efterlängtade gäster. Här lästes dikter och dramer, tablåer uppfördes, sången klingade, och man märkte ej, hur snabbt timmarna flydde. Efter Geijers bekanta »avfall» 1838 blevo emellertid förhållandena ändrade. Olikhet i politisk uppfattning fjärmade de båda diktarna från varandra.
På ålderdomens dagar klagade Atterbom stundom över tilltagande ensamhet. I ett brev från 1850 säger han: »De flesta personer, som jag älskat och beundrat, ha redan lämnat jorden och med blicken på den nuvarande allmänna och ohyggliga förbistringen kan man tvivelsutan ofta frestas att avundas deras öde». De följande åren bragte också skalden mycket lidande. Hans älskade, trogra hustru angreps av en sjukdom, som långsamt undergrävde hennes krafter, och sommaren 1854 rycktes hon bort från sin makes sida. Det hade varit Atterboms avsikt att, sedan han blivit pensionerad, slå ned sina bopålar i huvudstaden. Han behövde emellertid ej företaga någon flyttning. På våren 1855 drabbades han av en elakartad sjukdom, som krävde operation, och omkring ett år efter hustruns död hade hans varma, längtande hjärta upphört att slå. Det var den 21 juli 1855.