Klingenstiernas verksamhet som physices professor blev ej långvarig. Redan den 17 aug. 1752 befriades han genom k. brev från tjänstgöring som professor.
Chefen för artilleriet, general Ehrenswärd, hade utverkat åt sig ett anslag, benämnt kadettskolans experimentspengar, som årligen skulle användas till experiment och annat, som kunde gagna artilleriets utveckling. Han önskade Klingenstierna till medarbetare häruti och denne var ej obenägen härtill, så mycket mera som han i detta fall skulle få mera tid att dessutom ägna sig åt vetenskaplig verksamhet, från vilken hans tjänst vid universitetet i ej obetydlig mån hindrade honom.
Den 23 juni 1752 infordrade k. m:t kanslerns utlåtande i anledning av att sekreta utskottet den 17 maj hemställt, att som det vore av vikt, att de matematiska studierna befordrades, särskilt genom dylika skrifters offentliggörande på modersmålet, och som Klingenstierna på detta område inlagt stora förtjänster, men det vore att befara, att efter 26 års akademisk verksamhet man ej finge länge behålla honom, han borde, som han själv önskar, för att få utarbeta sina verk, befrias från akademiska sysslor med bibehållande av lön och övriga förmåner samt det gratial, 2 (3) frälsehemmans nyttjande, varmed han 1746 benådats. Dessutom föreslår utskottet, att om K. skulle gå miste om sina extraförtjänster som professor och han har en talrik familj att försörja, borde han ur kadettskolans experimentpengar få en årlig pension av 1200 dlr smt.
Den 17 augusti s. å. fastställde k. m:t efter kanslerens tillstyrkan av den 3 juli detta utskottets förslag. Adjunkten Samuel Duræus förordnades att uppehålla den fysiska professuren och blev professor i fysik 1757.
Klingenstierna hade även ett personligt skäl att vara tacksam för denna minskning i arbetsbördan, nämligen försvagad hälsa och sorger i hemmet. Han hade allt ifrån barndomen haft en stark kropp och man hade väntat, att
