Emellertid träffades han snart även här av en förvisningsdom “på grund av en amourette av mycket hög natur“. Han återvände då 1812 till Sverige, där han d. 1 okt. s. å. anställdes som kapellmästare och sångare vid operan. Det var nu Du Puy utvecklade sin så betydelsefulla verksamhet för operan. Hovkapellet sattes i ypperligt stånd, och han förstod även att fästa de mest framstående sångförmågorna vid teatern. År 1816 stiftades av honom en orkesterelevskola för stränginstrument. Efter 10 års verksamhet avled han slutligen d. 3 april 1822. — Av kompositioner för svensk scen nämner hans biograf, Palmstedt, en ofullbordad opera Björn Järnsida samt musiken till 10 talpjeser, dessutom även flera baletter. Särskild festmusik skrev han vid en del furstliga högtidligheter såsom vid änkedrottning Sofia Magdalenas begravning, hertig Oskars myndighetsförklarande, Karl XIII:s begravning och Karl XIV Johans kröning. Av andra tonverk märkes ett stort antal konsertstycken för violin, blåsinstrument, piano samt flera solosånger.
Ehuru Du Puy själv hade sin bästa roll i ett Mozartstycke och med ovanlig förståelse uppförde Mozarts operor, var han dock i allt fransmannen. Även utanför operan bidrog han till spridandet av den franska smaken. I sällskapet Par Bricole införde han den kvicka, behagfulla visan av franskt kynne för en, två eller tre soloröster. Hans dryckestrio Agander, Pagander och Winberg skrevs enkom för detta sällskap och vann sedan en stor popularitet. Även skrev han i samma anda kvartetten Douce harmonie.
Denna franska stämning, som Du Puy uppehöll i Stockholm, stod i skarp kontrast mot den tyska i Uppsala, och röster saknades ej i huvudstaden, som skarpt klandrade den efterblivenhet i
