Närmast i ordningen följer Katarina Jagellonicas grafkor. Detta rum var fordom sakristia; till grafkor förvandlades det af Johan 3, vid hvilket tillfälle äfven de båda arkadöppningarna mot koromgången fingo sitt nuvarande utseende. Till venster ser man Katarinas grafvård till höger Johans praktfulla, men påtagligen orätt anordnade. Enligt en tvifvelaktig uppgift skall Gustaf 3 hafva brutit spiran ur handen på Johans bild och låtit föra henne till Erik 14:s graf i Vesterås.
Stureska grafkoret. Härunder äro begrafne de 1567 mördade Sturarne samt de siste af Stureätten. Grefvinnan Ebba Lejonhufvud, enka efter den siste Sturen, är äfven här begrafven; genom testamente af år 1653 skänkte hon till domkyrkan åtskilliga Stureättens gods i Småland (under den sednare tiden försålda).
Birger Pederssons grafkor. Här ligga Upplands lagman, Birger Pedersson, och hans hustru (den heliga Birgittas föräldrar) begrafna under en i spetsbågsstil ristad sten, som i sitt slag är en af de yppersta. Grafkoret kallas vanligen det Braheska, emedan man falskeligen räknat Birger Pedersson till Brahe-ätten.
Gustavianska grafkoret. Midt i koret står ett monument af marmor med konung Gustafs bild mellan hans båda första drottningars. Väggarne prydas af 2 större och 5 mindre fresco-målningar, utförda af Sandberg åren 1831—38. Den ena af de större föreställer Gustafs intågande i Stockholm midsommaraftonen 1523; den andra hans afsked från Ständerna 1560. Under dessa båda målningar läses hans härliga afskedstal. De 5 mindre, under de med inbrända färger målade fönstren, föreställa Gustaf i slaget vid Brännkyrka 1518, inför rådet i Lybeck 1519, vid Rankhyttan i Dalarne 1520, talande till Dalkarlarne vid Mora kyrka 1520 samt mottagande den första Svenska Bibeln 1541 af Laurentius och Olaus Petri.
