I enlighet med denna regementsordning utnämde konungen sin trogna anhängare Klas Fleming till riksens öfversteamiral och Bengt Larsson till Haneborstorp till underamiral vid Stockholms skeppsgård.[1] Bengt Larsson, förut oprofvad vid sjöstaten, förblef i sitt embete till år 1597.
Då konung Sigismund i Juli 1594 begaf sig från Stockholm till Danzig, åtföljdes han af Klas Fleming, hvilken derefter icke återkom till Sverige, utan begaf sig från Danzig till sitt ståthållardöme Finland. Flottan i Sverige blef sålunda utan sin främsta man, hvaröfver rådet anförde klagomål hos konung Sigismund. I skrifvelse till honom den 6 Mars 1595 framhöll rådet att Fleming söndrat sig från hertig Karl och rådet samt vårdade sig ej vidare om skeppsgården i Stockholm, hvarför rådet anhöll om tillsättning af en ny amiral.[2] Hertig Karl, Sveriges verklige regent, erkände visserligen i början Fleming såsom öfversteamiral och gaf honom till och med i bref den 26 Mars, 4 April och 26 Juli 1595 vissa uppdrag rörande flottan, men samtidigt dermed eller den 29 April skref hertigen till ståthållarne på Stockholms slott att noga akta skeppen i skeppsgården, så att ej Fleming genom någon hemlig stämpling eller annat puts kunde taga dem och föra dem öfver åt Finland.[3] Klas Flemings bestyr med skeppsflottan inskränkte sig således till att hålla skeppen i Finland Sigismund till handa. Han dog i Finland 1597.
Bengt Larsson var visserligen fortfarande underamiral, men ej lämplig att användas såsom öfversteamiral. Dertill utsåg hertigen en äldre pommersk adelsman, Joakim Scheel, hvilken förut tjenat i Sverige såsom skeppshöfvidsman och skeppskapten. Denne erhöll den 12 Febr. 1596 hertigens fullmagt att hafva högsta befallningen öfver alla K. M:ts skepp, skeppsbyggningar och skeppsfolk.[3] Ehuru han således sattes i utöfning af öfversteamiralsembetet, kallade hertigen honom i fullmagten dock blott för "vår skeppskapten", säkerligen för att ej allt för mycket stöta konung Sigismund. I sitt registratur för 1598 kallar hertigen honom likväl flerstädes för amiral och i instruktionen för honom den 8 Nov. 1599 i egenskap af ståthållare i Finland, kallas han för "riksens amiral".[3]
Ar 1600 stannade amiral Scheel i Finland, men mot
