gudstjänstsättet, såsom borttagande af de många helgonaltarena, högaltarets förflyttande från kyrkans västra ända till den östra, inredning med kyrkobänkar m. m. Fortfarande förekommo ock ej sällan begrafningar i kyrkan. Änkedrottning Hedvig Eleonora, som såsom lifgeding innehade Vadstena län, var såsom kändt intresserad för byggnader; och af henne, som tidtals bodde i Vadstena, synes kyrkan hafva blifvit nödtorftigt reparerad och sålunda skyddad för total undergång. Det gamla taket i trenne afsatser med den därpå varande takryttaren nedtogs på 1780-talet, hvarefter ett enkelt spånklädt tak pålades, hvilket gaf kyrkan ett ganska tarfligt utseende.
Var nu denna tid en olycka för kyrkan? Ja, visserligen — dock icke i så hög grad som den kunnat vara. Denna försummelse och brist på vård var på sitt sätt en lycka för det ärevördiga templet, hvilket, under den långa tid det sålunda stod öde, blef förskonadt från dessa ombyggnader och förändringar, som många andra gamla monumentala byggnader undergingo, hvarvid den rådande tidssmaken gjorde sig gällande, och hvarigenom mången dyrbar kvarlefva från förgången tid blifvit ohjälpligt fördärfvad.
Så kom ett nytt märkesär i kyrkans historia, året 1825. Vadstena stads och S:t Pers landsförsamlingar hade då funnit sin gemensamma kyrka, den i staden befintliga s. k. rödkyrkan, vara i så förfallet skick, att hon antingen måste helt ombyggas eller underkastas en grundlig och ganska kostbar reparation. För att undvika detta ingingo församlingarna till K. M:t med begäran att få rifva sin gamla kyrka och öfvertaga klosterkyrkan för att där framgent hålla sina gudstjänster. Denna begäran blef ock af K. M:t sagda år bifallen, hvarvid församlingarna tillförbundos att kyrkan iståndsätta och allt framgent underhålla, samt åt dem beviljades såsom bidrag till den nödiga, ej obetydliga reparationskostnaden ett belopp af 5,000 riksdaler banko, utgörande behållningen af försäljningssumman för kyrkans forna koppartak. Huruvida denna uppgörelse varit till fromma för de båda församlingarna, kan starkt sättas i fråga, då dessa härigenom åtagit sig förbindelser, som varit och komma att blifva rätt betungande, och då kyrkan för deras gudstjänstbehof är genom sin storlek långt utöfver behofvet. Men att kyrkan själf härpå har vunnit, är alldeles visst, då hon härigenom blifvit räddad från en eljest tämligen säker undergång. Så blef kyrkan nödtorftigt reparerad och efter tidens smak — 1820-talets smak — uppsnyggad samt från 1829 använd för den söndagliga gudstjänsten.
