Pers församlingar lämnade det utöfver statsbidraget erforderliga beloppet till arbetets fullbordan. Det äskade anslaget blef af riksdagen beviljadt, och församlingarna åtogo sig det därvid fästade villkoret. Det omfattande arbetet, som kyrkorådet fick i uppdrag att låta verkställa genom antagen kunnig byggmästare, tog så sin början våren 1892. Den uppgift, som nu förelåg kyrkorådet, var ej så lätt att lösa. Det gällde här att, så vidt möjligt var, återföra kyrkan till det utseende hon ursprungligen haft och tillika anordna henne till en lämplig lokal för protestantisk gudstjänst, — att nogast möjligt bevara hennes minnen från en förgången tid och återställa hennes karaktär såsom en Birgittinerkyrka samt på samma gång göra henne bekväm och ändamålsenlig för den gudstjänstfirande menigheten. En annan svårighet, som ej sällan framkallade bekymmer, var att kunna med de anslagna medlen bringa verket till fullbordan, då, såsom naturligt är, under restaureringens fortgång många icke förutsedda arbeten visade sig erforderliga och måste utföras.
Den från början antagna kostnaden befanns också snart nog vara för lågt beräknad, hvadan det gällde att finna utvägar, på det att icke hela verket måtte väsentligt förfelas. För detta ändamål begärdes af församlingarna och beviljades af Kongl. Maj:t efter riksdagens hörande några ändringar och förenklingar i de fastställda ritningarna, hvilka ändringar, utom det att de tjänade till att nedbringa kostnaden, i så måtto voro välbetänkta, att de borttogo en del utsmyckningar, som ursprungligen varit tillämnade och visserligen i sig själfva voro för blicken anslående, men som ej rätt väl stämde öfverens med kyrkans enkla karaktär. En annan utväg, som anlitades, var att på frivillig väg samla bidrag; och på detta sätt erhölls en väl behöflig summa, hvari ingick ett belopp af 8.000 kr., som Hans Maj:t Konungen med sin kända kärlek till vårt folks fornminnen nådigst skänkte till kyrkoarbetet. En ytterligare gjord ansökan om statsbidrag blef väl icke beviljad, — afslaget sannolikt till stor del framkalladt af principiella skäl, — men riksdagen beslutade ett statslån af 16,000 kr. att räntefritt innehafvas i tio år.
Såsom en omständighet, som i icke ringa mån bidragit till kyrkorestaureringens lyckliga genomförande, bör nämnas, att arbetet under längsta tiden pågått under klok, insiktsfull och sparsam ledning af byggmästaren L. E. Petersson.
