Tretton år derefter brann hela staden, utom slottet och kyrkan:
»Hela byn lijder thet elsmen,
för wtan kyrckiorna allen,
the blefvo frälste med stor nödh
från then grymma loga och glödh».
År 1495, samma år som pesten rasade och bortryckte 18,000 menniskor, skall, enligt uppgift i Peringskiölds samlingar, en fjerdedel af staden hafva brunnit.
Då vådeld icke tog med sig en eller annan stadsdel, brändes stundom stora sträckor af fienden eller af våra egna höfdingsmän för att dermed göra fienden skada. Så skall Karl Knutsson hafva låtit afbränna en mängd hus utanför staden, på det att den upproriske erkebiskopen ej af dem måtte hafva någon nytta och kunna intaga Stockholm. År 1501 tände danskarne, som innehade slottet, eld på staden, då femtio hus nedbrunno.
Under Gustaf den förstes tid härjades staden af eld flere gånger. År 1555, medan Gustaf höll på att bryta bort ett stycke af Stockholms stads kyrka (Storkyrkan) på östra ändan, som tycktes vara för nära in på slottet, yppade sig en vådeld på vestra sidan om staden, som förderfvade hela Vesterlånggatan, utom några andra hus, som då voro bygda närmare åt sjön.
Denna eldsvåda inträffade halftannat århundrade efter den stora hvilken gaf anledning att börja tänka på den ständiga fara som låg i trä- och korsverkshus, täckta med halm eller spån, näfver eller bräder, och likväl hade, tyckes det, ej mycket af de gamla byggnadsämnena utbytts mot tegel. Efter en af de stora eldsvådorna under Gustaf den förstes tid förordnade han, att alla trähus i staden skulle rifvas och stenhus i stället uppföras. Men ännu under Erik den fjortondes regering voro stenhusen ganska sällsynta. De kungliga påbuden efterlefdes icke. Den som med större kraft genomdref dem var den byggälskande Johan den tredje, men ännu långt efter hans tid funnos torf- och näfvertak i den inre staden, och derför brann det lika friskt, om ock kanske icke i samma ohejdade utsträckning.
Under sextonhundratalet började förhållandena i den gamla staden att bättras, men då kom ordningen till sjelfva det kungliga slottet. Redan under Gustaf den förstes regering, år 1525, brunno, efter hvad Erik Jörensson Tegel meddelar, »Konungsmaket och Sölff-Cammaren slätt aff, ther utaff Konung Gustaff en stoor Skadha bekom».
I början af 1641 kom elden lös i nordvestra delen af slottet, motsvarande ungefär n. v. vestra hufvudsidan, åt yttre borggården,
