1572, iståndsatt efter 1687, och inredt för predikoöfningar, förstördt 1702. — S:t Görans kapell, troligen utanför Waxalatullen; S:t Gertruds kapell, anlagdt 1488 vid Gamla torget, der nu Theatrum Oeconomicum ligger; när dessa två kapeller förstördes, är ej bekant. — S:t Barbro kapell, ytterst bland domkyrkans södra omgifningar, invigdt 1501, från 1550 enskildtas tillhörighet, från 1614 dels kyrkans, dels akademiens, och begagnadt till tyghus o. a., sedermera nedrifvet. — S:t Johans kapell, bygdt vid S:t Eriks källa af K. Johan III, förstördt 1702. — S:t Gunhilds kapell, anlagdt af. Dr. Gunnilla (Bjelke) vid Akademie-qvarnen, blef aldrig fullbordadt. — Af kloster har staden sannolikt haft blott ett, för Franciskaner eller Gråbröder, beläget vid vestra ändan af nuv. Klostergatan, upphäfdt 1527; byggnaden afbrändes 1542, men en del anses vara att återfinna i det gemenligen s. k. Klostret, ett i sednare tider tillökt hus derstädes; hit hörde en särskildt begrafningsplats, der Peder Sunnanväder och Peder Galle äro jordade. — Ett Helge-Ands-hus eller hospital, med tillhörande kyrka, anlades 1305 på nuv. Fisktorget, förstördes 1702, återställdes 1705, men nedrefs efter 1806, då inrättningen flyttades utom staden till det fordna kronobränneriet, från K. Gustaf III:s tid, der den 1836 utvidgades till ett centralhospital för samtliga kringliggande län.
Under medeltiden stod hospitalet under vård af ett eget gille. För öfrigt hade staden af dessa halft andliga, halft borgerliga inrättningar troligen flera; bland dem man med säkerhet känner, hade S:t Pers och S:t Jakobs sina möten i den s. k. Gillaregården vid Gamla torget nära S:t Gertruds kapell. Det nuvarande Gillet är stiftadt för sällskapliga nöjen, och eger ett betydligt stenhus, vid Fisktorget, med en stor danssal m. m.
Det äldsta undervisningsverk i Upsala var ett under K. Erik Läspe stiftadt collegium, med ett communitet å Studentholmen, grundadt af domprosten And år 1316. Det ökades småningom, men synes alltjemnt ha förblifvit ett slags mellanting mellan skola och seminarium för prestbildning; för
