Dagen derpå, ehuru en söndag, börjades undersökningen, och det redan på förmiddagen, samt fortsattes alla dagar hela veckan igenom. Närvarande voro flere af rådet, mest grefve Magnus och Johan Oxenstierna, stundom också drottningen sjelf. Protokollet fördes merendels af den ryktbare Stiernhöök, hvilken också tjenstgjorde såsom åklagare å kronans vägnar.
Hela första dagen upptogs af förhöret med sonen. Denne fortfor att vidkännas författareskapet och yttrade i början en slags frimodighet, nästan stolthet, deröfver. Han visste sig hafva efter gällande lag förskyllat döden; men som ärlig svensk hade han velat lätta samvetet och för prinsen upptäcka fäderneslandets öfverhängande fara. Såsom den der saken förstode, hade han ej heller velat nedgräfva sitt pund. Han hade tagit sitt beslut och ville derpå både lefva och dö. För öfrigt bekände han redan vid detta första förhör nästan allt, hvad han visste. Af sin far och af Kristofer i Fors hade han erhållit de flesta uppgifter, som i skriften förekommo. Men denna sednare hade han sjelf sammansatt; ingen annan hade henne sett, eller hennes afskickande känt. Man yttrade, att ett yngling, som han, troligen icke egde nog kunskaper och skicklighet för att sammansätta ett dylikt arbete; utan att fadern torde vara rätta författaren. Sonen nekade härtill; och hvad skickligheten beträffade, bad han med stolthet, att hvad ämne som häldst måtte framställas; han skulle genast ådagalägga sin förmåga att detsamma behandla. Man hotade med pinbänken; men han vek ej från sina utsagor.
Då Messenius, fadern, första gången förehades, nekade han till alla beskyllningar. Han hade som en ärlig man tjenat riket; aldrig för sin son talat annat, än hvad en rättskaffens far tala bör; hade till och med varnat honom för smädeskrifter och sagt, det ingen hederlig karl sådana brukar. Men då man nämnde, hvad sonen bekänt, utbrast han: jag förmärker Guds rättvisa dom och straff. Jag har sjelf en gång på samma sätt anklagat min fader och har derföre detta väl förtjent.
