Denna olycka kunde endast motverkas af universitetet. Dess uppgift vore nämligen, “att till ett organiskt, för ett gemensamt mål verkande helt sammanhålla vetenskapens samtliga forskningsarter samt därigenom upprätthålla dess makt och inflytande på samhällets högsta lifsyttringar på samma gång som dess själfständighet gent emot tillämpningsskolornas handtverk”. Men universitetets upplösande skulle inträda, om den medicinska fakulteten utbrötes eller lösgjordes från sin gemenskap med detsamma. Under Hwassers frånvaro i Finland hade Carolinska medico-kirurgiska institutet i Stockholm uppväxt till en inflytelserik och betydelsefull läroanstalt med anspråk på en af medicinska fakulteten i Uppsala oberoende ställning i undervisnings- och examensväsen. Hwasser såg häri en fara icke allenast för den medicinska fakulteten i Uppsala, utan äfven en början till den samtliga högre undervisningens förflyttning till hufvudstaden och ett svårt slag för hela kulturen, sådan han fattade den. Han skyndade också från Finland hem till Sverige, där han intog den lediga professuren i teoretisk och praktisk medicin i Uppsala och från denna stund gjorde det till sin lefnads uppgift att bekämpa Carolinska institutets anspråk. I flera uppsatser, men förnämligast i en häftig stridsskrift med titel “Carolinska institutet”, sökte han häfda sin uppfattning på ett sätt, som visade, huru föga verklighetssinne han ägde och huru han tog sina egna hugskott och drömbilder för absoluta sanningar, för hvilka det gällde att strida på lif och död.
Med mycken bitterhet vände sig Hwasser därvid mot Berzelius, om hvilken han bland annat säger: “Jag ansåg först och främst Berzelius för en vida större vetenskaplig karaktär än han verkligen är. Den högre vetenskapliga karaktärens innehafvare har insikt i den inre betydelsen af den lära eller forskningsart, han förfäktar, och i dess förhållande till kulturen i allmänhet. De vetenskapliga karaktärer åter, hvilka jag räknar till den lägre ordningen, äro de, som mycket starkt uppfatta och troget åtlyda impulsen af någon viss forskningsprincip, utan att likväl bemöda sig om att med sin tanke tränga in i djupet af en sådan forskningens tidsriktning och uppfatta såväl dess inre grund som dess egentliga syftemål. Det förhåller sig med dem och den forskningskraft, de hylla och lyda, som med Nicodemus och vinden. De höra dess röst och följa dess fart, men veta icke hvadan den kommer eller hvart den far. Om dess ursprung är lögn och om dess yttersta mål är de förvillelsens klippor, där tanken nödvändigt slutligen måste lida skeppsbrott, undersöka de ej så noga. De känna blott, att det blåser starkt, och tro detta innehålla tillräckligt skäl till att hissa ‘seglen i topp’, lika mycket hvart det bär.”
För sina föreläsningar fick Hwasser af sina vedersakare uppbära mycket klander; han klagar själf öfver, att de “tämligen allmänt erhållit det illaljudande namnet af munväder”, men erkänner dock, att han “af naturen fått vissa gåfvor för det akademiska föredraget, som möjligen skulle gjort lycka ur en teologisk, en historisk eller en estetisk kateder, men som i allmänhet icke äro passande i en medicinsk”. Hans föreläsningar voro emellertid, kanske just på den grund, mycket populära och åhördes äfven af prinsarne. Hwassers verksamhet blef på detta sätt ett för den naturvetenskapliga och särskildt den medicinska forskningen hämmande element, och hans förtjänster äro icke heller att söka på det rent vetenskapliga området, liksom i striden mot Carolinska institutet tiden gifvit
