Några skriföfningar idkades visserligen icke på gymnasii lärorum under den tiden, men några af lärarne dikterade långa tillägg och anmärkningar till läroboken, och dessa nödgades gymnasisterne nedskrifva med papperet på sina knän.
När reformationen kom, hade Trivialskolan varit i verksamhet väl ett par hundra år. Emedan hon icke egentligen hade något med kyrkan gemensamt, utöfvade den kyrkliga omstöpningen icke häller något inflytande på henne, åtminstone icke, såsom på så många andra skolor, något ofördelaktigt. Trivialskolan vann tvärt om i timlig välmåga, enär Gustaf den förste skänkte henne åtskilliga hus och trädgårdar som förut egts af presterskapet eller tillhört de katolska gillena.
Ett kungl. bref af år 1529, »torsdagen nest före letare» (midfastosöndagen) innehöll, att som en predikare förutom kyrkoherden är af nöden och som skolan måste hållas vid makt både för att sköta sången i kyrkan och för att uppfostra de personer som framdeles skola uppehålla kristendomen, så förlänas Norra badstugan; Mårten Lindorms prebendehus, sunnan för Skomakarebrinken; Sancti Eriks hus i Sancti Laurentii gränd; det hus som kallas bagarehuset och skall hafva legat under Helga Grafs gille; Sancti Eriks hus i Kråkegränden; de hus som lyda till apostlaprebenden och några trädgårdar som hafva legat under Helga Lekama gille; ett hus i Matts Mårtens sons gränd; de hus som lyda under Elfva Jungfrurs prebende, med ett guldsmeds prebendehus vid Skomakaregatan.[1]
Staten kom således skolan till hjelp, och de skänkta egendomarne lemnades i borgmästare och råds händer för att med afkastningen löna skollärarne, så långt detta räckte, »till dess man må ytterligare vara förtänkt om deras uppehälle». I stadens räkenskaper finner man att 1540 gifvits 32 mark i kostpengar åt herr Anders Skolmästare.[2] År 1555 fick Trivialskolan bestämd aflöning af staten, nämligen 96 tunnor spanmål af kronans behållna kyrkotionde i Olands härad.
Fyra år förut hade skolan flyttats till ett af de då tomma klosterhusen på Riddarholmen, der hon efterträdde det 1531 dit förlagda hospitalet, som 1551 flyttades till Danviken. Gustaf den förste fortfor att vårda sig om undervisningen, men från de sista åren af hans regering erfar man ingenting särskildt om Stockholms Trivialskola. Denna tystnad fortfar under Erik den fjortondes regeringsår, men i början af Johan den tredjes regering talas åter om skolan,
