ett förmak och en kammare med två dörrar, ”der drottningen var sjelf inne” (d. v. s. drottningens våning i norra flygeln), m. m. Ett par andra målare af mindre bekanta namn, Marcus och Michel, jemväl medförda af Johan, ”giorde engle ansichtter, och måltte i Konungz Cammar” samt fingo derför hetalt 1586.
Den sista länken i inredningens kedja bildas af slottskyrkan i södra flygeln. Konung Johan, som bekant, en på sitt vis from och för andaktsöfningar ifrande man, beslöt att på Kalmar slott, så väl som på de öfriga, inreda en särskild slottskyrka; dylika funnos nämligen äfven på Vadstena, Upsala och Stockholms slott. Förut har sannolikt en sal under rutsalen begagnats till predikosal, enligt hvad af Sylvander (s. 240) anförda omständigheter synas gifva vid handen. Konungen och drottningen åhörde gudstjensten i stadskyrkan, emedan de hade särskilda ”stolar” der, hvilka flere gånger omtalas. Arbetet med ändring och påbyggnad af södra flygeln börjades 1589, och 1592 var kyrkans (30) murning färdig, utförd af den i slottets annaler vid denna tid ofta omtalade mäster Bern (Biörn). Samtidigt ommurades södra vindelstenen, uppgången till kyrkan från borggården, och Kuretornet (3) fick ny hufva, resverke och en väldig spira, uppförd af en enkom efterskrifven tysk timmerman vid namn Hausmann. Af flere skäl att sluta, har målning och öfrig inredning skett under de följande åren, före 1598, ty efter denna tid finnes ingenting i handlingarna om kyrkan. Hon är den enda del af slottet, som stått oförändrad sedan denna tid och städse gjort tjenst för sitt ändamål. Hon begagnades för garnisonen, men ifrån 1804 för invånarne i gamla staden, hvilka sedan dess bilda egen församling, numera annex till Kalmar stads. Kyrkan är för öfrigt mycket enkelt inredd och icke särdeles märkvärdig. De båda kungsstolar, som finnas der, äro utförda under Gustaf Adolfs tid (1619) och de enda minnesmärken, som förvaras å Kalmar slott efter honom; en säng, som förr uppgifvits vara hans och visas i Fornminnesföreningens samling, är ett tydligt falsarium.
För öfrigt uppfördes under Johans tid byggnader, som numera äro försvunna, nämligen de så kallade lustvåningarna på vallen. De voro storartadt inredda lusthus, uppförda på tre sidor, med präktiga salar, som genom ännu befintliga, fordom täckta gångar förenades med slottet. Redogörelsen för deras
