Det första orgelverket, hvarmed kyrkan försågs, anskaffades år 1523 af Biskop Brask, blef uppstäldt i St. Nilses chor, och har sedermera erhållit namn af det lilla orgelverket. Assessor Stjernfeldt lät på sin bekostnad flytta det till södra Kyrkodörren.
Det gamla stora orgelverket bekostades af K. Gustaf II Adolph och Hertig Johan, och byggdes från 1619, till 1629. Det var således en tid, som Kyrkan hade två orgelverk. Det nuvarande, af 28 stämmor, med 5 bälgar, är förfärdigadt af Direct. Joh. Cahman, för 15,000 d. k. m., och invigdes af dåvarande Domprosten, A. O. Rhyzelius d. 19 Aug. 1633. Det renoverades 1813 af Director Schörling, och intager en del af den vid västra ändan belägna Läktaren, som upbäres af sex fristående hela, och åtta st. halfva i väggen applicerade trädcolonner, oljemålade med hvit marmorfärg.
Altartaflan målad af Holländaren Hemskerk, skall enligt Spegels anteckning varit beställd, af en Ärkebiskop i Novogrod, hvilken på taflan är afbildad uti en knäböjande ställning, med bokstäfverna G. E. bredvid, men då den skulle föras till sin destination, blef Skeppet väderdrifvet till Barsund, ytterst vid Bråviken. Denna vackra målning, blef då köpt af K. Johan III för 1,200 T:r hvete, och skänkt till Domkyrkan 1581. På taflan läses konstnärens namn, Martinus Hemskerk me fieri fecit A:no D:i 1540. Äfven finnes konungens namnchiffer J R S. samt följande till en del skadade inskrift. Angeli Tibi & universa tibi cherubin & ... abili Sanctus ... sanctus potestates ... Seraphim Dom. — Tänker på honom: som af syndaren
